（一）指导思想。
全面贯彻党的十九大和十九届二中、三中全会精神，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真落实党中央、国务院决策部署，统筹推进“五位一体”总体布局和协调推进“四个全面”战略布局，牢固树立和贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，坚持保护优先和自然恢复为主，强化完善保护修复措施，全面加强长江水生生物保护工作，把“共抓大保护、不搞大开发”的有关要求落到实处，推动形成人与自然和谐共生的绿色发展新格局。
（二）基本原则。
树立红线思维，留足生态空间。严守生态保护红线、环境质量底线和资源利用上线，根据水生生物保护和水域生态修复的实际需要，在生态功能重要和生态环境敏感脆弱区域科学建立水生生物保护区，实施严格的保护管理。
落实保护优先，实施生态修复。坚持尊重自然、顺应自然、保护自然的理念，把修复长江生态环境摆在压倒性位置，进一步强化涉水工程监管，完善生态补偿机制，修复水生生物重要栖息地和关键生境的生态功能。
坚持全面布局，系统保护修复。坚持上下游、左右岸、江河湖泊、干支流有机统一的空间布局，把水生生物和水域生态环境放在山水林田湖草生命共同体中，全面布局、科学规划、系统保护、重点修复。
（三）主要目标。到2020年，长江流域重点水域实现常年禁捕，水生生物保护区建设和监管能力显著提升，保护功能充分发挥，重要栖息地得到有效保护，关键生境修复取得实质性进展，水生生物资源恢复性增长，水域生态环境恶化和水生生物多样性下降趋势基本遏制。到2035年，长江流域生态环境明显改善，水生生物栖息生境得到全面保护，水生生物资源显著增长，水域生态功能有效恢复。
《意见》指出，长江是中华民族的母亲河，是中华民族发展的重要支撑。多年来，受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、岸坡硬化、挖砂采石等人类活动影响，长江生物多样性持续下降，水生生物保护形势严峻，水域生态修复任务艰巨。
《意见》强调，要全面贯彻党的十九大和十九届二中、三中全会精神，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，牢固树立和贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，坚持保护优先和自然恢复为主，强化完善保护修复措施，全面加强长江水生生物保护工作，把“共抓大保护、不搞大开发”的有关要求落到实处，推动形成人与自然和谐共生的绿色发展新格局。
《意见》明确，到2020年，长江流域重点水域实现常年禁捕，水生生物保护区建设和监管能力显著提升，保护功能充分发挥，重要栖息地得到有效保护，关键生境修复取得实质性进展，水生生物资源恢复性增长，水域生态环境恶化和水生生物多样性下降趋势基本遏制。到2035年，长江流域生态环境明显改善，水生生物栖息生境得到全面保护，水生生物资源显著增长，水域生态功能有效恢复。
《意见》提出了开展生态修复、拯救濒危物种、加强生境保护、完善生态补偿、加强执法监管、强化支撑保障、加强组织领导等7个方面19项政策措施，涵盖了生态修复、生态调度、增殖放流、健康养殖、珍稀濒危物种抢救性保护、生物多样性保护、栖息地建设管理、生态补偿、全面禁捕、执法管理、投入保障、科技支撑、责任落实和社会动员等与长江水生生物保护工作有关的全过程和各环节。
《意见》提出，要将水生生物保护工作纳入长江流域地方人民政府绩效及河长制、湖长制考核体系，进一步明确长江流域地方各级人民政府在水生生物保护方面的主体责任，根据任务清单和时间节点要求定期考核验收，形成共抓长江大保护的强大合力。